Průhonický zámek v dnešní podobě je výsledkem řady přestaveb původně středověkého gotického hrádku, zbudovaného na skalnatém ostrohu nad potokem Botič.
Zámecké sály jsou využívány ke společenským i firemním akcím, vyhledáván je zejména Rytířský sál jako místo pro romantický svatební obřad.
Na místě dnešního zámku vybudovali ve 14. století gotickou tvrz se statkem páni z Říčan. Tvrz byla v jejich vlastnictví až do 90. let 14. století, kdy se stala majetkem měšťanů z Prahy. Od roku 1404 byla majetkem Jana Dubečského z Dubče; jeho dědici později přistavěli věž a baštu s předsunutým opevněním. Po vymření rodu roku 1508 zdědili majetek Zápští ze Záp. Ti také provedli přestavbu na renesanční zámek. Roku 1616 od nich zámek koupil rada císaře Rudolfa II., Ondřej Hannewald z Eckersdorfu. Za třicetileté války byl zámek zpustošen.
Ruina postupně střídala majitele; obnova byla zahájena teprve jezuity z koleje svatého Klimenta na Starém Městě v Praze. Ti jej koupili v roce 1669 a začali stavbu rekonstruovat na trojkřídlém půdorysu. Mezi zámkem a kostelem postavili také budovu pivovaru. V jejich majetku byl zámek do roku 1685. Později opět střídal často majitele a chátral.
V roce 1802 se majitelem stal hrabě Jan z Nostic-Rhienecku, jejž nechal zámek přestavět v klasicistním slohu. V roce 1885 se dědička rodu, Marie Antonie Gabriela provdala za hraběte Arnošta Silva-Taroucu. Na jeho podnět byl zámek v letech 1889 až 1894 přestavěn novorenesančně. Přitom byla zvýšena věž, osazeny renesanční štíty a atiky. Souběžně začal Silva-Taroucca budovat okolní park.
Z důvodu finanční náročnosti Silva-Tarouca v roce 1927 zámek i park prodal československému státu. Jeho správa po druhé světové válce spadala pod Botanický ústav ČSAV, po rozdělení Československa přešla na Botanický ústav Akademie věd České republiky, který zde sídlí.
V roce 2010 byl zámek spolu s parkem zapsán na seznam národních kulturních památek.
